Οι δράσεις του προγράμματος ΠΑΑ που θα εγγραφούν στο ΠΔΕ θα χρηματοδοτηθούν με μεταφορά των πιστώσεων από την Τράπεζα της Ελλάδος στον ειδικό λογαριασμό (ΕΛΕΓΕΠ) που τηρεί σε πιστωτικό ίδρυμα ο ΟΠΕΚΕΠΕ. Με κοινή απόφαση των Υπουργών Οικονομίας, Ανάπτυξης και Τουρισμού, Οικονομικών, και Αγροτικής Ανάπτυξης και Τροφίμων, ρυθμίζονται θέματα σχετικά με τη διαδικασία πληρωμών των έργων του προγράμματος ΠΑΑ που θα βαρύνουν τον ανωτέρω ειδικό λογαριασμό. Ειδικότερα, οι δημόσιες δαπάνες μπορούν να χρηματοδοτηθούν από το ΠΔΕ ή και τον τακτικό προϋπολογισμό, όπως κάθε φορά ορίζεται στην απόφαση ένταξης της κάθε πράξης στο ΠΑΑ.