Η γραμματειακή υποστήριξη των Φορολογικών Διαιτητών παρέχεται από τη Γενική Διεύθυνση Φορολογικών Ελέγχων και Εισπράξεων Δημοσίων Εσόδων του Υπουργείου Οικονομικών. Με απόφαση του Υπουργού Οικονομικών ρυθμίζεται κάθε αναγκαία λεπτομέρεια. Με την απόφαση αυτή μπορεί να ιδρύονται αυτοτελή γραφεία υπαγόμενα απευθείας στην παραπάνω Γενική Διεύθυνση με έδρα την Αθήνα και τη Θεσσαλονίκη και αντικείμενο τη γραμματειακή υποστήριξη των Φορολογικών Διαιτητών.